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国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究 略称:肝炎データストレージ(DS)

 データの利用use of data

   レベル 1(非制限公開データ) 2(制限公開データ) 3(制限共有データ)
 デ
 |
 タ
 の
 種
 類
GWASデータ カテゴリーA
(頻度データ、統計解析結果)
カテゴリーB
(個体レベルでのCNV情報)
カテゴリーC
(GWAS遺伝子型データおよびImputation (SNP, HLA)結果)
カテゴリーD
(GWAS生データ)
シークエンスデータ カテゴリーE
(公知のシークエンシングおよび変異データ)
(該当なし) カテゴリーF
(シークエンシングおよび変異データ)
臨床情報 カテゴリーG
(詳細版臨床シート)
カテゴリーG
(詳細版臨床シート)
カテゴリーG
(詳細版臨床シート)
臨床ゲノム情報統合データベースにおけるデータ使用時の手続き等 ウェブサイトで、閲覧可能。但しカテゴリーAのデータを大量取得する場合はレベル2と同様の申請を要するものとする。 氏名、職名、連絡先、使用目的、e-mailアドレス(原則、所属機関から発行されたアドレス)を申請(簡易申請)する。 1.データ提供者と直接の共同研究を行う、または
2.AGDのデータ利用方針に従い、データの利用申請をする。
また、使用期間に応じて、データ使用報告書の提出を要する。

 (各カテゴリーの説明はこちらを参照)

・非制限公開データ(レベル1)

データ一覧から各研究内容を確認のうえ、自由にダウンロードしてください。

・制限公開データ(レベル2)

氏名、職名、連絡先、使用目的、e-mailアドレス(原則、所属機関から発行されたアドレス)を申請(簡易申請)してください。

・ 制限共有データ(レベル3)

1.データ提供者と直接の共同研究を行う、または 2.AGD(http://gr-sharingdbs.biosciencedbc.jp/ )のデータ利用方針に従い、データの利用申請をしてください。また、使用期間に応じて、データ使用報告書の提出を要します。

 各カテゴリーの説明

A. 頻度データ、統計解析結果(frequency data、statistical values)、臨床的意義が認められたSNPの遺伝子型データ:アリル・遺伝子型頻度データ、Hardy-Weinberg平衡検定、関連解析結果等の解析後データ、遺伝子・ゲノム変異(SNP, CNV, マイクロサテライトを含む)の集合情報、臨床的意義が認められたSNPの遺伝子型データ

B. 個体レベルでのCNV情報:プローブごとのシグナル強度を含む個体レベルでのCNV情報一覧、その他に提供される情報は以下のものに限る。
・染色体上の位置、方向(+/-鎖)

C. GWAS遺伝子型データ(genotype data):匿名化済み個人のタイピング結果、その他に提供される情報は以下のものに限る。
・染色体上の位置、方向(+/-鎖)
(個人ごとのデータであっても、すでに文献等で発表され、公知となっているデータは本カテゴリーに含めない)

D. GWAS生データ(raw data):匿名化済み個人のgenotype決定以前の生データ、その他に提供される情報は以下のものに限る。
・染色体上の位置、方向(+/-鎖)
(個人ごとのデータであっても、すでに文献等で発表され、公知となっているデータは本カテゴリーに含めない)

E. 公知のシークエンシングデータおよび変異データ:匿名化済み個人のシークエンシングデータおよび変異情報であり、論文・学会での発表が行われて公知となっているもの。この場合、変異の存在が既知あるいは文献等で発表されて公知である場合、その変異を含む遺伝子以外の同一個人由来の遺伝子領域についても、データ提供者の指示する範囲でアクセス制限無しに公開できるものとする。ただし、データの掲載は最大でも遺伝子単位とし、複数遺伝子領域が同一個人由来であることが明示されないような方法で提供されるものとする。また、配列等以外に提供される情報は以下のものに限る。
・染色体上の位置、方向(+/-鎖)

F. シークエンシングデータおよび変異データ:匿名化済み個人のシークエンシングデータおよび変異情報で、公知となっていないもの。ただし、配列等以外に提供される情報は以下のものに限る。
・染色体上の位置、方向(+/-鎖)

G. 詳細版臨床シート:匿名化済みの個人の臨床情報、以下の情報を含む。
・患者の基本情報
・現病状
・HBVマーカー
・血液検査値
・追跡データ(HBVマーカー、血液検査値)
・肝生検
・多診療科通院歴
・全治療歴
・手術歴
・化学療法歴
・再活性
・HBワクチン投与歴の項目

AMED臨床ゲノム情報統合データベース整備事業肝炎データストレージ(DS)


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